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我国国内在生物降解塑料瓶加工和研究方面的力量还是很薄弱，大部分生物降解塑料企业将重点关注的是在材料合成上的问题，忽略了制品加工开发，一些生物降解塑料制成的餐饮用具在耐热、耐水及机械强度方面与传统塑料制品相差较远。
生物降解塑料产业在发展过程中正在面临着五大难题。
1、评价体系尚不完善。生物降解塑料是新兴产业，许多材料及制品开发出来后，生物降解塑料产品如果没有自己的产品标准，就会给贸易带来很多麻烦和纠纷。虽然我国早期就由全国塑料制品标准化技术委员会专门成立了生物质和生物降解塑料工作组，2008年国家标准委又成立了全国生物基材料及生物降解塑料相关标准制定机构，但由于经费支持不够，相关工作进展非常缓慢。
2、生物降解塑料产业还缺乏有力的政策及法律法规的支撑。在国外，政府通过设立专项发展基金、税收优惠等政策支持生物降解塑料产业的发展，目前中国在这方面的支持力度正在逐渐加强，宏观政策支持也在加大，但还是缺少细则，不利于生产型生物降解塑料企业的发展。
3、生产成本的问题。生物降解塑料产品的价格目前很难与石油基产品竞争，这就需要通过技术进步不断降低生物降解塑料生产的成本和产品价格。
4、生物降解塑料企业缺乏资金及融资难问题。我国生物降解塑料企业规模还小，而生物降解塑料企业回报周期又超出了预期设计，这就产生了生物降解塑料企业资金不足和融资难问题。
5、技术不够成熟，生物降解塑料制品的性能无法wq满足各种消费需求。尽管市场上的生物降解塑料品种繁多，但是每一种生物降解塑料的材料本身的机械和加工性能只在单一方面有突出，而综合性能还存在很多缺陷。
此外，从应用领域考虑，对不能回收利用的医用塑料制品、塑料垃圾袋、堆肥袋、塑料农药瓶、化妆品瓶等一次性塑料制品，可以采取食用淀粉或无机矿物质填充的方法，开发高质量、价格低廉的生物降解塑料制品。