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清朝时期，皇宫太医院设立教习厅，负责皇宫御医的考核和医学典籍的储存。至同治年间，御史胡庆源奏请整顿医官以正医学，遂于同治六年（1867年）改教习厅为医学馆。此时的医学馆是我国历史上收藏医学典籍最丰富的机构，从唐宋时期的医学专著到清明时期的养生秘方应有尽有、包罗万象。1900年，八国联军进军北京，紫禁城中大大小小的殿院皆遭洗劫，医学馆也面临着覆灭。幸好段太医后裔段芝南将重要典籍藏于药饮片中，这些中医不传经典遂得以保存。此后，段芝南带着幸免于难的医学典籍退隐民间，创立了融汇百家之长的“段芝堂”。
