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根据离子交换柱污染物的情况，也可以采用DNA酶等其它的酶类。无论使用哪一种酶处理后，都要重复上述qc污染物的清洗步骤，把酶清洗干净。脂蛋白对分离介质的污染比较严重，因为脂蛋白及其它脂类物质，很容易粘附在层析柱内，{zh0}在进 行分离工艺前先将其去除。推荐使用硫酸葡聚糖、聚乙烯吡咯烷酮等沉淀剂，可去除高含量的脂蛋白。 对于物化结构非常稳定的介质，可用30℃~40℃的乙醇或丙酮进行洗脱或浸泡，在高温下可使吸附在介质上的蛋白变性或加快扩散速度，也有利于胶体物质的破坏，从而使污染物脱离介质。还可在乙醇或NaOH溶液中加入NaCl，更有利于介质的复苏。
使用有机溶剂后，离子交换柱要采用锯齿形的梯度洗涤进行清洗，即可以在5倍床体积内，使溶剂的含量从0增至{bfb}，然后在下一个 5倍床体积中，使溶剂的含量从{bfb}降到0。如果经过上述处理，离子交换柱的工作情况仍没有恢复，可以使用蛋白水解酶，将仍滞留在介质内的蛋白 质进行水解，使其脱离介质。可以采用含有1mg/mL 胃蛋白酶的0.1mol/L 乙酸溶液及0.5 mol/L 的 NaCl 溶 液注入到交换柱中，在室温下浸泡过夜，或在37℃下浸泡一小时。
qc沉淀蛋白、脂类、疏水性的蛋白及脂蛋白，处理步骤更为复杂。可采用{bfb}的异丙醇、20%的乙腈、2mol/L的NaOH溶液、75%的乙酸、20%的乙醇、{bfb}的甲醇或6mol/L的盐酸胍、阳离子或非离子洗 涤剂等作为处理液。在用过这些清洗剂后，都要用至少2倍体积的蒸馏水进行清洗。
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